Alexa® dyes

5/11/2015

Alexa® dyes

Alexa® dyes CONTENTS 1 Background 2 Properties and structures 3 Applications 1. BACKGROUND The Alexa®, or Alexa Fluor®, dyes were introduced by Molecular Probes, Inc. (now part of Life Technologies, Inc.). 2. PROPERTIES AND STRUCTURES A range of Alexa dyes is available, with emission wavelengths spanning the visible spectrum and extending into the infrared region of the spectrum. Some can be used in single molecule studies (Table 1).

Table 1   Alexa Fluor dyes

λmax / nm (emission)

Colour

E at λmax

Φ

τ / ns

Alexa Fluor 350 346

442

Blue

19 000

­

­

Alexa Fluor 405 402

421

Blue

35 000

­

­

Alexa Fluor 430 434

539

Green/Yellow

15 000

­

­

Alexa Fluor 488 495

519

Green

73 000

0.92

4.1

Alexa Fluor 514 518

540

Green

80 000

­

­

Alexa Fluor 532 531

554

Yellow

81 000

0.61

2.5

Alexa Fluor 546 556

573

Orange

112 000

0.79

4.1

Alexa Fluor 555 555

565

Orange

155 000

0.10

0.3

Alexa Fluor 568 578

603

Orange/Red

88 000

0.69

3.6

Alexa Fluor 594 590

617

Red

92 000

0.66

3.6

Alexa Fluor 610 612

628

Red

144 000

­

­

Alexa Fluor 633 632

647

Far­red

159 000

­

­

Alexa Fluor 635 633

647

Far­red

140 000

­

­

Alexa Fluor 647 650

668

Far­red

270 000

0.33

1.0

Alexa Fluor 660 663

690

Near­IR

132 000

0.37

1.2

Alexa Fluor 680 679

702

Near­IR

183 000

0.36

1.2

Alexa Fluor 700 702

723

Near­IR

205 000

0.25

1.0

Alexa Fluor 750 749

775

Near­IR

290 000

0.12

0.7

Alexa Fluor 790 782

805

Near­IR

260 000

­

­

Name

λmax / nm (absorption)

E: extinction coefficient; Φ = quantum yield; τ = fluorescence lifetime. Data from www.invitrogen.com.

Not all of the structures of the Alexa dyes are available, but some of the structures are listed in Figure 1. http://www.atdbio.com/content/34/Alexa­dyes

1/3

5/11/2015

Alexa® dyes

Not all of the structures of the Alexa dyes are available, but some of the structures are listed in Figure 1.

Figure 1 | Structures of selected Alexa Fluor® dyes (structures of other Alexa Fluor dyes are not published)

3. APPLICATIONS The Alexa Fluor dyes, and other dyes that emit at longer wavelengths, towards the red end of the spectrum (> 600 nm) have advantages over dyes that emit at shorter wavelengths in that there is typically less background fluorescence at longer these wavelengths. In experiments that involve cells/cell debris, other chemicals (e.g. buffers) and plastics (e.g. microplates) this can lead to increased sensitivity. SEE ALSO http://www.atdbio.com/content/34/Alexa­dyes

2/3

5/11/2015

Alexa® dyes

Our free online Nucleic Acids Book (www.atdbio.com/nucleic­acids­book) contains information on all aspects of nucleic acids chemistry and biology.

http://www.atdbio.com/content/34/Alexa­dyes

3/3